l1993年2月11日，基金委委务会认为“理论物理是重要的基础研究，科学基金是其研究经费的重要来源，我国理论物理学科队伍强，工作也不错，又有获得诺贝尔奖的华裔科学家的关心支持，加强支持是必要的，同意自一九九三年始（暂定三年）增拨100万元“专款”。同时建立理论物理学术领导小组，以加强对这项专款的管理。”
l1995年，“理论物理专款”的计划经费增加为140万/年。
l1995年4月22－24日，召开了“理论物理和生物学交叉领域的小型学术讨论会”，推动和促进了我国的基因组系列研究。
l1996年8月21－25日，召开了“第一届全国理论物理学在国民经济中的作用研讨会”。针对国民经济和国家安全所提出的重要问题，从理论物理的角度作软科学的研究，对技术路线的战略性决策以及技术途径的可行性提供理论依据。
l1997年11月4－7日，召开了“全国青年理论物理学工作者学术交流大会”。
l1999年，“理论物理专款”的计划经费增加为200万/年。
l1999年，开始设立“理论物理前沿专题”系列讲习班（暑期学校），并得到教育部的支持，教育部给承办学校发文，承认学员的学分。举办这一类研究生暑期学校对于提高我国物理学基础的教学水平和科研水平，加强各高校研究生课程的建设，提高研究生培养质量，加快基础学科人才的成长是卓有成效的。
l2000年8月6－19日，举办“全国量子信息及其量子物理基础”研究生暑期学校。
l2001年，开始设立东西部合作项目，其目的是支持西部学者或研究组（内蒙古、陕西、宁夏、甘肃、青海、新疆、西藏、贵州、云南、重庆、四川、广西这12个西部地区的非国务院各部委、中国科学院和人民解放军所属单位的科研人员），通过与东部教授合作，完成项目研究任务。
l2001年，开始举办“理论物理前沿课题高级研讨班”（简称高级研讨班）。高级研讨班将学术研讨与课题研究结合起来，即以研讨班的形式，做深入的课题研究，为正在从事该课题研究或准备进行该领域课题研究的部分人员提供学术交流和开展合作研究的机会。
l2001年7月22－8月4日，在厦门举办“全国理论生物物理与生物信息学”研究生暑期学校。
l2002年，举办“等离子体物理理论”研究生暑期学校。
l2003年，“理论物理专款”的计划经费增加为300万/年。
l2003年，开始设立“博士研究人员启动项目”，其目的是通过资助近3年期限内获得博士学位并正在从事理论物理研究而又没有科研经费的年青研究人员，为刚毕业的理论物理博士研究人员解决研究经费的困难，促使他们坚定研究方向、安心从事理论物理研究、积极参加学术交流活动。
l2003年，举办“软物质物理”研究生暑期学校。
l2004年，开始设立“西部讲学”活动，其目的是充分发挥“东西部合作项目”对西部地区理论物理研究的推动作用，进一步促进西部地区理论物理研究人才的培养，加快理论物理科研和教学水平的提高。
l2004年，举办“Bose- Einstein凝聚”研究生暑期学校。
l2004年6月1日 “理论物理专款”设立十周年纪念大会在中国科学院理论物理研究所召开。开幕式上，基金委副主任沈文庆院士讲话，周光召院士做关于科学与创新的主题报告，夏建白院士做理论物理专款十年总结报告。葛墨林院士、赵维勤研究员、马余强教授、段文山教授、史华林研究员、陶瑞宝院士作为资助项目典型代表，分别报告项目执行情况。
l2005年，举办“粒子、天体和宇宙学”研究生暑期学校。
l2005年7月25日-8月22日，在西北师范大学举办“统计物理、非线性科学” 第一期理论物理西部讲学活动，为我国西部地区及西部与东部地区科研人员之间的交流，特别是青年学者之间的交流建立了良好平台。
l2005年，开始设立“彭桓武理论物理论坛”。彭桓武先生是两弹一星功勋，为我国原子弹、氢弹的研制做出了杰出的贡献。该论坛是中国理论物理学界学习彭桓武先生学术思想和科学精神、缅怀彭桓武先生（彭先生仙逝后）的重要学术活动。论坛邀请学术界资深专家根据理论物理发展的前沿和最新研究结果，做相关学术报告，进一步加强理论物理内部各领域之间的学术合作与学术交流，加强理论物理和数学、生物、化学、地学、天文以及应用学科的交叉融合。每一届的论坛召开地点由学术领导小组集体决定，基本原则是挑选有理论物理基础的大学或研究所，希望通过该论坛活动，吸引更多的年轻人员加入到理论物理的研究队伍中来，促进我国理论物理的发展。
l2005年6月4日，第一届“彭桓武理论物理论坛”在中国科学院理论物理研究所召开，彭桓武先生亲临论坛，戴元本院士、郝柏林院士、贺贤土院士、于渌院士应邀做学术报告。
l2006年，举办“数学物理和可积系统”研究生暑期学校。
l2006年7月，在贵州大学举办“凝聚态物理”第二期理论物理西部讲学活动。。
l2006年10月15日，第二届“彭桓武理论物理论坛”在中国科学院理论物理研究所召开，何祚庥院士、张宗烨院士、朱少平研究员、孙昌璞研究员应邀做学术报告。
l2007年，举办“夸克胶子等离子体与核天体物理”研究生暑期学校。
l2007年，在西北大学举办“计算物理”第三期理论物理西部讲学活动。
l2007年11月11日，第三届“彭桓武理论物理论坛”在中国科学技术大学召开，闵乃本院士、杨炳麟教授、侯建国院士、孙昌璞研究员应邀做学术报告。
l2008年，举办“理论物理与生物及软物质科学交叉” 前沿讲习班。
l2008年10月，在云南大学举办“粒子物理和高能天体物理” 第四期理论物理西部讲学活动。
l2008年10月18日，第四届“彭桓武理论物理论坛”在南京大学召开，龚昌德院士、郝柏林院士、邹冰松研究员应邀做学术报告。
l2009年，“理论物理专款”的计划经费增加为800万/年。
l2009年，为了扩大资助面，“东西部合作项目”升级为“合作研修项目”，其目的是支持全国范围理论物理研究条件较差的学者或研究组，通过与国内理论物理研究相对实力强的学者合作研修，提高科研能力和水平，促进理论物理薄弱地区的科研人才的培养，同时希望通过科研促进当地教师教学水平的提高。
l2009年1月7日至1月17日，在北京召开“第三届亚洲弦论冬季学校”，有16名中外老师和127名中外研究生参加了本届冬季学校。
l2009年10月8日—11月5日，在广西师范大学举办“中高能核物理和强子物理” 第五期理论物理西部讲学活动。来自西部地区的13所院校和来自其它地区的17所院校的124名学员参加，邀请了19位国内外相关研究领域的知名专家和学者讲学。
l2009年10月16日，第五届“彭桓武理论物理论坛”在浙江大学召开，潘建伟研究员、邢定钰院士、欧阳颀教授、吴岳良院士应邀做学术报告。
l2010年“理论物理专款”的计划经费增加为1000万/年。
l2010年8月16—24日，在清华大学举办“LHC物理国际会议暨暑期学校”的学术活动，共有196人参加会议，其中有13位来自境外的报告人，186为境内报告人和参加者，参会人员分布于全国25个高校或研究所，该活动促成了新的理论与实验的合作计划。
l2010年8 月18 日—9 月3 日，在长春大学举办“量子力学基本问题和量子信息的理论及其前沿研究方向”第六期理论物理专题讲学活动（原为西部讲学活动）。本期讲学活动共录取学员110 人，其中正式学员86 人，旁听学员24 人，涉及到全国42 所高校及研究所。正式学员中东北地区44 人，占51.2%，西部地区10 人，占11.6%；其他地区32 人，占37.2%。
l2010年10月17日，第六届“彭桓武理论物理论坛”在山东大学召开，王恩哥院士、黄涛研究员、方忠研究员、梁作堂教授应邀做学术报告。
l2011年，“理论物理专款”的计划经费增加为1500万/年。
l2011年8月16日-30日，在西北师范大学举办“等离子体物理与冷原子物理”第七期理论物理专题讲学活动，22所学校和科研单位的131名学员参加了学习。该次讲学活动为西部地区理论物理研究事业的发展指明了方向，对推动我国西部地区理论物理研究的发展奠定了基础。
l2011年10月22日，第七届“彭桓武理论物理论坛”在四川大学召开，徐至展院士、贺贤土院士、薛其坤院士、陆埮院士、王顺金教授应邀做学术报告。
l2012年6月30日-7月14日，在华东交通大学举办“量子光学”第八期理论物理专题讲学活动，有两位院士，7位长江学者或杰青，十多名量子光学领域的专家出席，并作了报告或授课，来自全国中西部地区140多名研究生和青年教师参加。
l2012年10月20日，第八届“彭桓武理论物理论坛”在南开大学召开，葛墨林院士、邢志忠研究员、向涛研究员、卢建新教授应邀做学术报告。
l2013年，“理论物理专款”设立20周年纪念大会在北京召开。
l2013年10月20日，第九届“彭桓武理论物理论坛”在清华大学召开。汲培文研究员、薛其坤院士、方忠研究员、吴岳良院士应邀做学术报告。
