1. 第一届理论物理专款学术领导小组（1993年2月11日—1996年5月）
组长：彭桓武
副组长：于敏、何祚庥
成员：胡济民、苏肇冰、夏建白、黄涛、陶瑞宝、闫沐霖、陈润生、孙昌璞
2. 第二届理论物理专款学术领导小组（1996年6月—1999年3月）
组长：何祚庥
副组长：苏肇冰、夏建白
成员：于敏、黄涛、陶瑞宝、陈润生、孙昌璞、邱孝明、曾谨言、邢定钰、丁鄂江
3. 第三届理论物理专款学术领导小组（1999年4月—2002年5月）
组长：苏肇冰
副组长：夏建白、黄涛
成员：陶瑞宝、陈润生、孙昌璞、邢定钰、胡岗、吴岳良、陈永寿、李定、张维岩、熊传胜、欧阳钟灿(增补)
4. 第四届理论物理专款学术领导小组（2002年6月—2008年5月）
组长：欧阳钟灿
副组长：夏建白、黄涛
成员：陶瑞宝、陈润生、孙昌璞、邢定钰、胡岗、吴岳良、陈永寿、李定、朱少平、刘玉鑫、岳瑞宏、段文晖
5. 第五届理论物理专款学术领导小组（2008年6月—2014年5月）
组长：欧阳钟灿
副组长：陶瑞宝、陈润生
成员：邢定钰、吴岳良、孙昌璞、李定、朱少平、冯世平、邹冰松、方忠、朱世琳、庄鹏飞、罗民兴、卢建新、梁作堂、李学潜
顾问：黄涛、赵光达、夏建白
6. 第六届理论物理专款学术领导小组（2014年6月—2017年5月）
组长：欧阳钟灿
副组长：孙昌璞、李树深
成员：谢心澄、郑杭、王玉鹏、吴岳良、罗民兴、邢志忠、卢建新、庄鹏飞、任中洲、梁作堂、刘杰、张卫平、楼森岳、蔡荣根
顾问：陶瑞宝、陈润生、黄涛、赵光达、夏建白
7. 第七届理论物理专款学术领导小组（2017年6月—2022年5月）
组长：孙昌璞
副组长：向涛、罗民兴、邹冰松
成员：王炜、王建国、尤力、卢建新、许甫荣、常凯、马余刚、蔡荣根(增补)、刘玉斌(增补)
顾问：欧阳钟灿、李树深
秘书：赵强、易俗
