继2005年成功在北京举办复杂系统暑期学校以后，美国Santa Fe研究所与中国科学院理论物理研究所再次合作，于2006年7月9日至8月4日在北京举办了"2006年复杂系统暑期学校"（2006 Complex Systems Summer School）。中国科学院研究生院给暑期学校提供了场地支持，国家自然科学基金委员会给予了基金支持。

此次暑期学校由Santa Fe研究所Dave Feldman教授和中国科学院理论物理研究所陈晓松研究员担任校长，邀请了国内外各领域共计19位知名学者，对来自世界各地54名学员进行了为期4周的半封闭式授课。课程内容涵盖了生物信息学、控制/干涉、复杂网络、人口动力学、语言演化、考古等众多领域，吸引了世界各地大量的报名者，从中最后遴选了54名来自不同学科的学员（生物学、生态学、物理学、计算机科学、数学、电子学、社会学、管理科学、建筑设计等）。其中国内学员27人，来自中国科学院、北京大学、清华大学、中国科技大学、复旦大学、浙江大学、西安交通大学等国内一流学术机构，国外学员27人，来自美国哈佛大学、斯坦福大学、麻省理工学院、加州大学、加州理工学院、英国牛津大学、剑桥大学、德国马普研究所等国外一流研究机构。学员中绝大多数为在读研究生，但也不乏刚刚毕业的本科生以及已经从事研究工作多年的青年研究人员。授课方式以专题讲座为主，另外还安排了2次公众报告、2次圆桌讨论，专家们从基础知识、研究工具到研究实例对各自的领域做了精彩介绍，在课上及课后均引发了热烈的讨论。在暑期学校正式开课前，Santa Fe 研究所安排所有中国学员在新东方学校进行了为期一周的英语培训，进一步锻炼了中国学员的英语听说能力，为接下来的课程学习和交流提供了很大的帮助。暑期学校还为国外学员和教师安排了两次中文课，中国学员们也积极参与其中，在课堂上一对一地帮助国外学员和老师们学习中文，使他们对中国语言和文化有了初步、感性的认识。

本次暑期学校的另一大特色是，学员们在学习基本课目的同时还需结成兴趣小组、提出明确的研究项目，并于学校结束时获得初步结果。为此，学员们在课后进行了广泛热烈的交流讨论，最终结成了14个讨论组，课题涉及了网络稳定性、语言演变、生态博弈、社会公平、城市发展等。各小组通过灵活多样的研究形式（如，计算机模拟、数据统计分析、问卷调查、现场受试等）及紧张辛勤的工作，均于暑期学校结束前获得了初步研究成果并进行了汇报展览。尤其值得一提的是，其中不少项目的内容与完成人的专业背景几乎无关，极好地体现了此次暑期学校"为兴趣而学"的宗旨，同时也激励了学员们进一步开展跨学科研究的兴趣和信心。此次暑期学校于8月4日圆满结束，教员、学员以及其他与会专家均对学校的课程设置、组织方式及后勤工作给予了肯定，并希望国内能更多地开展类似的极具特色且富有成效的学术交流活动。

复杂系统暑期学校受到了中美有关方面的重视，美国驻中国大使馆谢伟森公使（David S. Sedney）、美国国家科学基金会驻北京办事处章以本主任（William Y.B. Chang）以及中国国家自然科学基金委员会数理科学部张立群副主任参加了8月4日在翠宫饭店举行的暑期学校结业宴会，并具体了解了暑期学校的有关情况。他们充分肯定了复杂系统暑期学校对于交叉科学研究和中美科学家交流所起的作用。