蛋白质序列、结构、及动力学

报告人：姚新秋

报告人简介：

2002年本科毕业于湖南大学应用物理系，同年入北京大学物理学院（后转工学院）攻读博士学位。2002年至今，在北京大学理论生物学中心(CTB)佘振苏课题组学习和工作，研究方向为生物信息学。研究兴趣包括蛋白质二级结构预测，蛋白质结构比对，蛋白质动力学模拟等。

报告摘要：

蛋白质结构与功能一直是分子生物学领域最基础也是最重要的课题之一。蛋白质一级序列怎样决定高级结构，特定的三维结构怎样构成蛋白行使功能所必需的物理、化学、及动力学环境，是这一领域最基本的两个问题。本次报告主要针对这两个问题介绍一下我们课题组所做的相关工作：１、介绍一种全新的蛋白质二级结构预测方法；本方法基于动态贝叶斯网络，其预测精度远远超过了HMM等其他概率模型方法。２、介绍一下对一个20氨基酸长度的短肽(Trpcage) 的折叠过程所做的全原子分子动力学(MD)模拟及分析；主要关注蛋白从近折叠态到折叠态的弛豫过程。３、alpha-lytic蛋白酶特异性的动力学研究；主要是对野生型和突变型的alpha-lytic分别做MD模拟，比较它们在活性位点附近蛋白以及水分子动力学的差异，从而解释突变造成蛋白特异性改变的原因。４、最后简单交流一下分子动力学模拟软件GROMACS的使用经验。　

时间：2007年11月29日 16:00

地点：理论物理所 新楼6420

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