10/16
2023
Seminar
- Title题目 基于单细胞谱系示踪数据的RNA速率场重构算法
- Speaker报告人 胡政 (中科院深圳先进技术研究院合成生物学研究所)
- Date日期 2023年10月16日 10:00
- Venue地点 会议室：南楼6220 Zoom 会议： https://us02web.zoom.us/j/81340426655?pwd=akR1N0pkUVg1V010WmtVVGphM09UUT09 会议号: 813 4042 6655 密码: 824377
Abstract摘要
胡政，中科院深圳先进技术研究院合成生物学研究所研究员，博士生导师。2015年在中科院北京基因组研究所获得博士学位，2015-2020年在斯坦福大学医学院从事博士后研究。入选国家海外高层次人才项目（青年）和中科院百人计划（择优）。研究方向为体细胞演化与计算生物学，主要运用基因组学、单细胞谱系追踪和数学建模等方法解析细胞命运决定和肿瘤演化的机制。主持科技部国家重点研发项目（课题负责人）、国自然专项、国自然面上、广东省杰出青年基金等项目。研究成果发表于Nature Biotechnology、Nature Genetics（3篇）、PNAS、Nature Communications、Molecular Biology and Evolution等国际期刊。曾获得美国创新基因组研究所博士后奖、欧洲癌症研究协会“十佳论文奖”、中科院院长优秀奖等奖项。
细胞命运决定规律和机制是生命科学的核心科学问题之一。近年来，基于单细胞转录组测序数据推断细胞分化轨迹成为解析细胞命运决定过程的重要手段。同时，基于DNA条形码的单细胞谱系追踪技术，为定量分析动态分化轨迹提供了新的思路。然而，如何联合单细胞转录组和谱系追踪数据、准确推断复杂动态发育轨迹是计算生物学面临的一项重要挑战。近期，我们受到分子演化原理启发，提出了一种基因表达时钟模型，利用耦合谱系追踪信息的单细胞转录组数据构建转录组矢量场图，从而高精度地还原动态细胞分化轨迹。我们的方法在广泛的仿真和不同类型的真实单细胞数据（线虫、小鼠胚胎、肿瘤和免疫细胞）中都能准确推断复杂细胞分化过程。因此，我们相信该方法将为发育生物学和肿瘤的细胞命运决定研究提供新的有力手段。
报告人简介：
胡政，中科院深圳先进技术研究院合成生物学研究所研究员，博士生导师。2015年在中科院北京基因组研究所获得博士学位，2015-2020年在斯坦福大学医学院从事博士后研究。入选国家海外高层次人才项目（青年）和中科院百人计划（择优）。研究方向为体细胞演化与计算生物学，主要运用基因组学、单细胞谱系追踪和数学建模等方法解析细胞命运决定和肿瘤演化的机制。主持科技部国家重点研发项目（课题负责人）、国自然专项、国自然面上、广东省杰出青年基金等项目。研究成果发表于Nature Biotechnology、Nature Genetics（3篇）、PNAS、Nature Communications、Molecular Biology and Evolution等国际期刊。曾获得美国创新基因组研究所博士后奖、欧洲癌症研究协会“十佳论文奖”、中科院院长优秀奖等奖项。
邀请人：
王维康 副研究员
附件下载: