| 1999年 | 1999年度周培源物理学奖 | 欧阳钟灿 | 周培源基金会 |  | 理论物理研究所 | 
			                    
			                        
	                                    | 1999年 | 等价定理及电弱对称破缺机制的探索 | 李小源(第四完成人) | 教育部科学技术进步奖 | 二等奖 | 理论物理研究所 | 
			                    
			                        
	                                    | 1999年 | 统一描述平衡与非平衡体系的格林函数理论研究 | 周光召、苏肇冰、郝柏林、于渌 | 中国科学院自然科学奖 | 一等奖 | 理论物理研究所 | 
			                    
			                        
	                                    | 1999年 | 耗散系统混沌和时空混沌的控制与同步 | 谢发根(第4完成人) | 国家自然科学奖 | 三等奖 | 理论物理研究所 | 
			                    
			                        
	                                    | 1999年 | 基因序列的信息学研究 | 纪丰民(第2完成人) | 国家自然科学奖 | 三等奖 | 理论物理研究所 | 
			                    
			                        
	                                    | 1999年 | 生物膜形状的液晶模型理论研究 | 欧阳钟灿;谢毓章(客座);刘寄星、郑伟谋、胡建国 | 国家自然科学奖 | 二等奖 | 理论物理研究所 | 
			                    
			                        
	                                    | 1999年 | 1999年度吴有训物理奖 | 张肇西、陈裕启 | 胡刚复、饶毓泰、叶企孙、吴有训物理奖基金委员会 |  | 理论物理研究所 | 
			                    
			                        
	                                    | 1999年 | 1999年度求是杰出青年学者奖 | 虞跃 | 求是基金委员会 |  | 理论物理研究所 | 
			                    
			                        
	                                    | 1999年 | 1999年度中国科学院青年科学家一等奖 | 孙昌璞 | 中国科学院 |  | 理论物理研究所 | 
			                    
			                        
	                                    | 1998年 | 1998年度“国氏”博士后奖励基金 | 虞跃 | “国氏”博士后奖励基金委员会 |  | 理论物理研究所 | 
			                    
			                        
	                                    | 1998年 | 混沌和混沌时空的控制与同步及非线性时空系统对注入信号的响应 | 谢发根(第6完成人) | 教育部科学技术进步奖 | 一等奖 | 理论物理研究所 | 
			                    
			                        
	                                    | 1998年 | The Q-Deformed Boson Realisation of the Quantum Group SU(N)q and Its Representatives | 孙昌璞 | ISI Citation Classic Award 1981-1998年度引用经典奖(国际奖) |  | 理论物理研究所 | 
			                    
			                        
	                                    | 1998年 | Equilibrium and Nonequilbrium Formalisms Made Unified | 周光召、苏肇冰、郝柏林、于  渌 | ISI Citation Classic Award 1981-1998年度引用经典奖(国际奖) |  | 理论物理研究所 | 
			                    
			                        
	                                    | 1997年 | 杨-巴科斯特方程与可积系统 | 孙昌璞(第4完成人) | 教育部科技进步奖 | 一等奖 | 理论物理研究所 | 
			                    
			                        
	                                    | 1997年 | 强迫布鲁塞尔振子的分叉与混沌 | 郝柏林 | 国防科工委科技进步奖 | 二等奖 | 理论物理研究所 |